三优生物 1分钟了解系列｜如何判断蛋白制备难度之糖基化位点篇

引言

在科学研究以及制药研发领域，常常需要制备一些蛋白。而在进行蛋白制备之前，需要开展一系列分析工作，以便选择适宜的制备方案，进而提高制备的成功率。蛋白分析通常要从蛋白的种属、类型、结构以及理化和生化性质等方面着手。目前，对于蛋白制备难度的评判尚无确切标准。为此，我们从Uniprot数据库中提取了7种哺乳动物（Human、Mouse、Rat、Rabbit、Bovine、Pig、Sumatran orangutan）的56547个蛋白的数据，在氨基酸水平上，对氨基酸个数、糖基化位点等信息进行了分析，旨在给科学家在判断蛋白制备难度时提供参考。

我们经过对这些数据进行分析处理后，将符合“氨基酸个数小于等于100或大于等于1000；糖基化位点数大于等于4或百分比大于等于1.0%”任一性质的蛋白判定为制备难度高的蛋白。具体分析如下：

氨基酸个数

我们统计了56547个蛋白，合计氨基酸总个数为29793248，平均每个蛋白的氨基酸个数为527。

氨基酸个数分布见图1，氨基酸蛋白个数区间及百分比见表1。

▲图1. 氨基酸个数分布图

▼表1. 氨基酸蛋白个数区间及百分比

糖基化位点&占比

据统计，无糖基化位点蛋白数占比为78.50%，含0-3个糖基化位点蛋白数占比92.97%，95.30%的蛋白糖基化位点占比位于0-1.0%区间。

糖基化位点数分布见图2，糖基化位点百分比分布见图3，糖基化位点百分比数据见表2。

▲图2. 糖基化位点分布图

▲图3. 糖基化位点百分比分布图

▼表2. 糖基化位点百分比

小结

通过对Uniprot上7种哺乳动物的56547个蛋白进行数据分析获得：

·蛋白的氨基酸个数：每个蛋白平均氨基酸个数为527，86.22%的蛋白氨基酸个数位于101-1000区间；

·糖基化位点数：无糖基化位点蛋白数占比为78.50%，0-3个糖基化位点蛋白数占比92.97%；

·糖基化位点数百分比：95.30%的蛋白糖基化位点占比位于0-1.0%区间。

综合以上数据及分析，我们将符合以下任一性质的蛋白判定为制备难度高的蛋白：

注：由于蛋白的多样性及其他多方面因素的影响，以上判断条件仅为概率上分析，不是必然结果，仅供参考。

关于三优生物

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